TransTaiwan的路徑查詢設定中，關於台鐵及高鐵有一項「轉乘」設定，提供中途不轉乘、順向轉乘、任意方向轉乘三種選項。第一種很好理解，然而後兩者到底有甚麼差異呢? 簡單來說，順向轉乘就是不搭回頭車。
台鐵
舉例來說，若今天要查詢台北搭台鐵往竹北最快的的方式，除了區間車直達外，還有其他方式:
1. 搭自強號到新竹，再轉乘區間車到竹北
因為會經過竹北站兩次，因此算是反向轉乘，依照票務規定須要購買 台北-新竹 以及 新竹-竹北 兩張車票，若使用電子票證搭乘則須在新竹站刷卡出站後再次進站。
2. 搭自強號到中壢，再轉乘區間車到竹北
這種搭法沒有搭回頭車，屬於順向轉乘，不須支付額外票價。使用電子票證搭乘在中壢轉乘時不須重新刷卡。
例外: 支線指定轉乘站（新竹站轉乘六家/內灣線、瑞芳站轉乘平溪線）
依據臺鐵多卡通電子票證乘車營運規定第十七條規定:
持電子票證於下列區間任一站上、下車者，並於指定車站轉乘，以最短區間票價計收： (一)六家/內灣線：千甲=六家=內灣間，於新竹站(指定站)轉乘台北方面列車者。 (二)平溪線：大華=菁桐間，於瑞芳站(指定站)轉乘宜蘭方面列車者。
雖然上述轉乘並不是搭乘最短路徑，但依台鐵票務規定僅收取最短路徑票價，因此TransTaiwan將上述支線轉乘方式視為順向轉乘。
高鐵
依照旅客運送契約:
對號座車票限車票所載指定日期、車次及區間有效，自由座車票限車票所載指定日期營業時間內及區間有效。
因此若持台北-台中的自由座車票，從台北站進站後不能搭去南港站搶座位．
捷運
捷運沒有限制轉乘方向。
根據臺北捷運系統營運服務規約、桃園大眾捷運系統旅客須知、高雄捷運旅客須知，有確實刷卡進出站就符合規定。唯一需要注意的點是同站進出超過15分鐘或是不同站進出超過120分鐘會加收最低票價，然而TransTaiwan規劃的路徑基本上都不會超過。